Das erste Gebäude namens Modar-i Chan Medresse (Farsi: entspricht der Übersetzung „Khans Mutter“) ist zu Ehren der Mutter Abdullah Khans II. erbaut worden. Innerhalb der Scheibaniden Dynastie war Abdullah Khan II. der erfolgreichste Herrscher. Auf dessen Anordnung wurde 947 n. Chr. in Hidjra (1566/67J.) gebaut und das Datum der Fertigstellung über dem Eingang festgehalten. Das Gebäude ist dem Aufbau nach einer typischen Lehranstalt mit einem Studenten- und Lehrerwohnheim nachempfunden, wobei auch ein Hof, diverse Säle der Moschee und Auditorien, auch Darshana genannt, mit eingeplant wurden. Zur Hauptfassade ist zu sagen, dass sie mit außerordentlich farbenreichem Ziegelmosaik verkleidet wurde.

Das zweites Gebäude mit Namen Abdallah – Khan Medresse (1588—90) zeichnet sich als ein hervorragendes Bauwerk der Baukunst Mittelasiens so wie als eine der größten Medressen nach der Kukeldasch bzw. Miri-Arab Medresse aus. Der Haupteingang ist als hohes Portal gestaltet worden. Die recht große Fassade und Vielfalt der dekorativen Elemente lässt das Aussehen der Medresse sehr festlich wirken. Im Licht der Sonne glänzen nämlich sehr schön die kalten Töne der Majolika Kacheln (blau, grün-blau, weiß).

Grundsätzlich verändertes sich die traditionelle Architektur in Buchara. Lokale Besonderheiten, die man auf das 15 Jahrhundert datieren kann, sind vergleichbar mit den früheren Medressen wie der Ulugbek in Buchara und Gijduwan und Samarkand gebaut hat. Anzumerken ist, dass die Ulugbek Medresse in Samarkand mit einer blinde Fassade und hohen Minaretten an den Ecken des Gebäudes ausgestattet ist. In Buchara jedoch wurde die Hauptfassade mit Bogenloggien verlängert. An den jeweiligen Gebäudeecken stehen niedrige Türme, die Guldasta, die in Flügelshöhe abgesägt. Die Medressen in Buchara haben des weiteren viele Besonderheiten in ihrer Konstruktion.