Es gab hier auch eine alte Medresse Gosijoni Kalon (Große Gosijon), die bis heute sich erhalten geblieben ist. Südlich befand sich Gosijoni Hurd (Kleine Gosijon). In beiden Gosijon Medresse studiert man nicht. Hier wohnten die Studenten.

Östlich der Mullo Muchammad-Scharif Medresse gab es die Chubin Medresse („Hölzern“).

In den Dreißigern des 16. Jahrhunderts wurde Buchara zur Hauptstadt von Buchara Khanat. An der Spitze des Staates stand die Dynastie der Scheibaniden, deren Regierungsperiode seit Anfang des 16 Jahrhunderts ungefähr 100 Jahre dauerte. Während dieser Zeit wurden viele Reformen eingeführt und auch das Volksbildungssystem wurde reformiert. Im jeden Stadtviertel, sei es ein Wohngebiet oder eine Selbstverwaltungseinheit „Mahalla“, gab es eine Schule speziell für arme Leute. Reiche kamen für ihren eigenen Privatunterricht selbst auf. Wenn ein Kind 6 Jahre alt wurde, begann der zweijährige Vorschulunterricht. Darüber hinaus konnte man in der Medresse lernen bzw. studieren. Die Unterrichtsdauer in diesem System sah 21 Jahre vor (3 Stufen à 7 Jahre). Die Schüler wurden in den Fächern Theologie, Arithmetik, Rechtswissenschaften, Logik, Musik und Dichtung unterrichtet. Diese Art des Bildungsangebots begünstige nicht nur die Entwicklung der usbekischen Sprache, sondern auch die Entfaltung der Literatur, der Wissenschaft und nicht zuletzt der Kunst.

In Buchara entstanden berühmte historische und geographische Werke wie z.B. "Halif Iklim", "7 Klimas" von Amin Achmed Rasi (gebürtiger Iraner). Dort wurde auch die Kalligraphie und die Erschaffung von Miniaturbildern weiter entwickelt. Als beste in diesem Gebiet wurde der Sultan Ali Maschchadij und Machmud ibn Ishack Asch-Schachibi anerkannt. Derwisch Muchammed Buchari, Maulan Machmud Musachib, Djelaleddin Usuf u.a. beherrschten die Schönschreibkunst. Außerdem zeichneten sich berühmte Dichter und Theologen wie Muschfiki, Nisami Muamaia und Muchammed Amin Sachid durch ihre Werke aus.

Von 1540 bis 1550 n.Chr. wurde in Buchara eine Bibliothek erbaut. Hier befand sich eine große Sammlung literarischer Werke. Als Bibliothekar (Kitobdar) arbeitete hier Mir Abid Husaini. Er war auch als Schönschreiber bekannt, der die Handschriften „Nastalik“ und „Raichani“ usw. beherrschte. Hasan Nisari hielt in seiner Biographie „Musakir-i achbab“ ("Erinnerungen an Freunde“) fest, dass Mir Abid Husaini auch ein guter Miniaturist und Einlegearbeiter war.